腓特烈二世是神圣罗马帝国皇帝亨利六世与西西里女王康斯坦丝一世之子, 他的父母结婚时父亲二十一岁, 母亲三十二岁, 这段婚姻本不被期待获得子嗣, 但他的母亲在四十岁时怀孕。父母相继去世后，时任教皇英诺森三世成为他的监护人，这是出于他母亲希望他能够远离德意志的混乱政局平安度过童年期的考虑。